Thông tư 99/2025/TT-BTC đã chính thức có hiệu lực áp dụng cho các năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày 01/01/2026, thay thế toàn diện Thông tư 200/2014/TT-BTC và thiết lập một khung chế độ kế toán doanh nghiệp mới tại Việt Nam.

Sau hơn nửa năm thực thi, câu chuyện tại các doanh nghiệp không còn dừng lại ở việc “Thông tư 99 có gì mới?” mà đã chuyển dịch hoàn toàn sang câu hỏi hành động mang tính quyết định:

“Chúng tôi cần thay đổi gì trong hệ thống kế toán, quy trình kiểm soát nội bộ và phương pháp lập Báo cáo tài chính (BCTC) để sẵn sàng cho kỳ quyết toán năm 2026?”

Đây cũng chính là trọng tâm thảo luận tại chương trình đào tạo chuyên sâu về Thông tư 99 do KTC tổ chức ngày 15/08/2026, với sự tham gia của đông đảo Giám đốc Tài chính (CFO), Kế toán trưởng và các nhà quản trị doanh nghiệp.

TỪ QUY ĐỊNH MỚI ĐẾN NHỮNG VẤN ĐỀ DOANH NGHIỆP PHẢI XỬ LÝ NGAY

Thông tư 99 không đơn thuần là đợt cập nhật danh mục tài khoản hay biểu mẫu BCTC. Chế độ kế toán mới đòi hỏi doanh nghiệp phải rà soát lại toàn bộ cách thức tổ chức dữ liệu, xây dựng chính sách kế toán và thiết lập cơ sở giải trình vững chắc.

1. Rà soát số dư và hệ thống tài khoản – Tránh bẫy “đổi mã kỹ thuật” Công việc đầu tiên khi chuyển sang Thông tư 99 là xử lý số dư chuyển tiếp từ hệ thống cũ. Doanh nghiệp phải căn cứ vào số dư chi tiết để chuyển đổi sang các tài khoản phù hợp:

• Các khoản vốn góp vào hợp đồng hợp tác kinh doanh (BCC) không đồng kiểm soát được chuyển từ TK 138 sang TK 2281.
• Nghĩa vụ phải trả về cổ tức, lợi nhuận được tách riêng sang TK 332 (thay vì theo dõi chung trên TK 338).
• Kết chuyển số dư nguồn kinh phí, quỹ dự toán (TK 441, TK 466) sang vốn khác của chủ sở hữu (TK 4118).

Quá trình này không thể xem là một bài toán “đổi mã tài khoản” đơn giản trên phần mềm. Doanh nghiệp cần xây dựng bảng đối chiếu số dư có cơ sở chứng từ đầy đủ để dữ liệu sau chuyển đổi có thể truy xuất, đối chiếu và giải trình nhất quán, đặc biệt khi áp dụng các phương pháp điều chỉnh hồi tố, hồi tố đơn giản hoặc phi hồi tố.

2. Đánh giá giao dịch từ bản chất kinh tế thay vì hình thức hóa đơn Thông tư 99 tăng cường định hướng phản ánh bản chất kinh tế của giao dịch và có những điểm tiếp cận với thông lệ quốc tế, trong đó nhấn mạnh nguyên tắc “tôn trọng bản chất hơn hình thức” :

• Hợp đồng hợp tác kinh doanh (BCC): Phải phân tích kỹ điều khoản hợp đồng để xác định quyền đồng kiểm soát hay không đồng kiểm soát, phương thức phân chia lợi nhuận hay doanh thu để lựa chọn phương pháp hạch toán và thuyết minh phù hợp.
• Ghi nhận doanh thu: Bán hàng trả chậm, trả góp phải ghi nhận doanh thu theo giá bán trả ngay, phần lãi trả chậm phân bổ vào doanh thu tài chính từng kỳ; bán hàng kèm quà tặng khuyến mại có điều kiện phải được xử lý theo bản chất giảm giá hàng bán thay vì ghi nhận vào chi phí bán hàng.
• Ghi nhận chi phí và giá vốn: Bỏ quy định trích trước chi phí để tạm tính giá vốn bất động sản (bỏ bút toán Nợ 632 / Có 335), đòi hỏi chi phí ghi nhận phải gắn liền với khối lượng nghiệm thu thực tế. Đồng thời, bãi bỏ việc trích trước chi phí sửa chữa lớn TSCĐ khi chưa thực hiện.
• Đánh giá lợi nhuận phân phối: Ban điều hành và CFO cần cân nhắc loại trừ các khoản mục phi tiền tệ nằm trong LNST chưa phân phối (như lãi do đánh giá lại tài sản góp vốn, chênh lệch tỷ giá cuối kỳ) nhằm bảo toàn thanh khoản và an toàn dòng tiền chi trả thực tế.

3. Quy chế nội bộ và Kiểm soát nội bộ – Tự chủ gắn liền với Pháp lý Thông tư 99 mở rộng quyền tự chủ cho doanh nghiệp trong việc thiết kế biểu mẫu chứng từ, mở thêm tài khoản chi tiết và phân cấp quản lý kế toán tại các đơn vị trực thuộc. Tuy nhiên, quyền tự chủ này đi kèm điều kiện pháp lý tiên quyết:

• Doanh nghiệp bắt buộc phải ban hành Quy chế hạch toán kế toán (hoặc tài liệu tương đương) do cấp có thẩm quyền phê duyệt khi có sửa đổi, bổ sung tài khoản, chứng từ hay chỉ tiêu BCTC để làm căn cứ thực hiện và chịu trách nhiệm trước pháp luật.
• Hoàn thiện Quy chế quản trị nội bộ, xác định rõ thẩm quyền ký duyệt, quy trình luân chuyển chứng từ và kiểm soát rủi ro giao dịch.

Nếu thiếu quy chế nội bộ được ban hành chính thức, việc tự ý điều chỉnh hạch toán sẽ tiềm ẩn rủi ro tuân thủ nghiêm trọng khi làm việc với kiểm toán độc lập và cơ quan thanh tra thuế.

4. Báo cáo tài chính và Thuyết minh BCTC – Thu thập dữ liệu từ sớm Khung BCTC theo Thông tư 99 nâng cao đáng kể chuẩn mực công bố thông tin, đặc biệt là phần Thuyết minh BCTC:

• Bắt buộc thuyết minh chi tiết các khoản mục tài sản, công nợ, nợ vay và doanh thu chiếm tỷ trọng từ 10% trở lên.
• Giải trình rõ các khoản tiền, tương đương tiền hoặc tài sản bị hạn chế quyền sử dụng.
• Thuyết minh chi tiết các giả định, ước tính kế toán trọng yếu và đánh giá khả năng hoạt động liên tục của doanh nghiệp.

Hệ thống kế toán và ERP nếu không được thiết lập để thu thập dữ liệu chi tiết ngay trong năm sẽ dẫn đến tình trạng quá tải, chắp vá dữ liệu thủ công vào thời điểm chốt sổ cuối năm.

BỐN VIỆC DOANH NGHIỆP NÊN THỰC HIỆN NGAY

• 01 – Rà soát hệ thống tài khoản và số dư chuyển đổi: Thiết lập bảng đối chiếu chi tiết giữa Thông tư 200 và Thông tư 99, đảm bảo dữ liệu chuyển đổi có đầy đủ căn cứ, dễ dàng đối chiếu và truy xuất.
• 02 – Rà soát danh mục hợp đồng trọng yếu: Đánh giá lại các hợp đồng BCC, hợp đồng mua bán phức hợp có nhiều nghĩa vụ thực hiện, doanh thu trả chậm, nợ vay và chính sách trích lập dự phòng tổn thất tài sản.
• 03 – Ban hành Quy chế kế toán & Cấu hình phần mềm: Phê duyệt chính thức Quy chế hạch toán kế toán, khai báo danh mục tài khoản mới (TK 332, 215, 2295, 6275, 82111…), đóng các tài khoản bãi bỏ, và kiểm tra quy tắc tính tỷ giá trên hệ thống phần mềm/ERP.
• 04 – Chuẩn bị dữ liệu cho Thuyết minh BCTC: Bóc tách sẵn các trường thông tin cần giải trình (khoản mục trên 10%, tài sản thế chấp/hạn chế sử dụng, ước tính kế toán) ngay từ các kỳ báo cáo nội bộ quý.

Góc nhìn từ KTC: TỰ CHỦ ĐI LIỀN VỚI TRÁCH NHIỆM GIẢI TRÌNH

Theo góc nhìn từ các chuyên gia tư vấn và kiểm toán của KTC, giá trị cốt lõi của Thông tư 99 không nằm ở số lượng mã tài khoản được thay đổi.

Điều quan trọng nhất là hệ thống kế toán mới có phản ánh trung thực bản chất kinh doanh, cung cấp dữ liệu tin cậy cho công tác điều hành của Ban Giám đốc/CFO và tạo dựng cơ sở giải trình vững chắc cho BCTC hay không.

Thông tư 99 mở rộng tính linh hoạt cho doanh nghiệp nhưng cũng đặt ra yêu cầu minh bạch cao hơn. Chuyển đổi thành công không phải là việc phòng kế toán hoàn tất một danh mục tài khoản mới, mà là khi Con người – Quy trình kiểm soát – Hệ thống dữ liệu và Báo cáo tài chính cùng vận hành đồng bộ theo một nguyên tắc quản trị nhất quán.

Đối với doanh nghiệp, thời điểm tối ưu để rà soát và hoàn thiện hệ thống không phải là khi bước vào mùa quyết toán cuối năm, mà chính là ngay từ bây giờ.

Doanh nghiệp đang trong quá trình chuyển đổi từ Thông tư 200 sang Thông tư 99 có thể chủ động rà soát hệ thống kế toán ngay từ bây giờ để hạn chế sai sót, giảm áp lực vào cuối năm và đảm bảo dữ liệu tài chính sẵn sàng cho kỳ lập BCTC 2026.