Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) giúp doanh nghiệp thu hồi khoản thuế đầu vào đủ điều kiện, bổ sung dòng tiền và giảm áp lực vốn lưu động. Tuy nhiên, không phải mọi trường hợp có thuế GTGT đầu vào lớn hơn đầu ra hoặc chưa khấu trừ hết đều được hoàn. Việc xác định đúng trường hợp áp dụng, chứng minh tính thực tế của giao dịch và bảo đảm số liệu kê khai nhất quán có ý nghĩa quyết định đối với khả năng được hoàn thuế cũng như rủi ro phát sinh sau đó.

1. Bốn nhóm trường hợp hoàn thuế GTGT cần xác định đúng

Theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và các văn bản sửa đổi, bổ sung, hướng dẫn có liên quan, điều kiện hoàn thuế được xác định theo từng trường hợp cụ thể. Những nhóm doanh nghiệp thường cần xem xét gồm:

• Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu: Việc hoàn thuế phụ thuộc vào điều kiện đối với hoạt động xuất khẩu, hồ sơ giao dịch, chứng từ thanh toán và các yêu cầu liên quan; bao gồm xuất khẩu tại chỗ nếu đáp ứng quy định áp dụng.
• Dự án đầu tư: Dự án phải thuộc trường hợp được hoàn thuế và đáp ứng các điều kiện về đầu tư, thuế đầu vào chưa khấu trừ hết cùng những yêu cầu pháp lý tương ứng.
• Hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%: Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất 5% có thể được hoàn thuế nếu đáp ứng điều kiện về số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết và thời gian theo quy định.
• Các trường hợp đặc thù khác: Bao gồm một số trường hợp liên quan đến giải thể, phá sản, dự án sử dụng vốn viện trợ không hoàn lại hoặc cơ chế hoàn thuế riêng theo pháp luật.

Mỗi nhóm có cơ chế xác định số thuế được hoàn và yêu cầu hồ sơ khác nhau. Vì vậy, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết không mặc nhiên đồng nghĩa với số thuế được hoàn; doanh nghiệp cần xác định đúng căn cứ áp dụng và phần thuế thực sự đủ điều kiện.

2. Những yếu tố quyết định khả năng được hoàn thuế

Xác định đúng điều kiện hoàn thuế theo hoạt động thực tế

Một bộ hồ sơ đầy đủ chưa chắc đã đáp ứng điều kiện hoàn thuế nếu doanh nghiệp xác định sai trường hợp áp dụng hoặc chưa đáp ứng các yêu cầu pháp lý liên quan. Với dự án đầu tư, hoạt động xuất khẩu hay cơ sở kinh doanh có nhiều nhóm hàng hóa, dịch vụ, việc xác định sai cơ chế có thể ảnh hưởng trực tiếp đến phạm vi và số thuế được đề nghị hoàn.

Hóa đơn hợp lệ chưa đủ để chứng minh giao dịch

Hóa đơn GTGT là một phần của hồ sơ, nhưng tính hợp lệ về hình thức không thay thế được bằng chứng về giao dịch thực tế. Hợp đồng, giao nhận, nghiệm thu, hồ sơ hải quan và chứng từ thanh toán cần phản ánh nhất quán bản chất giao dịch. Đối với các phương thức thanh toán đặc thù như bù trừ công nợ hoặc thanh toán qua bên thứ ba, hồ sơ cần đáp ứng các điều kiện áp dụng và chứng minh được dòng tiền liên quan.

Số thuế đầu vào cần được xác định đúng bản chất

Số thuế ghi trên hóa đơn không đương nhiên là số thuế được hoàn. Thuế đầu vào cần được xem xét theo điều kiện khấu trừ, mối liên hệ với hoạt động thuộc diện hoàn, các khoản thuế dùng chung cần phân bổ và những khoản đã được khấu trừ, bù trừ hoặc điều chỉnh ở kỳ trước. Với doanh nghiệp có nhiều hoạt động kinh doanh, phương pháp phân bổ thiếu căn cứ có thể khiến số thuế đề nghị hoàn không chính xác.

Số liệu giữa các kỳ phải nhất quán

Chênh lệch giữa tờ khai thuế, sổ kế toán và chứng từ gốc có thể khiến doanh nghiệp phải giải trình hoặc điều chỉnh hồ sơ. Những thay đổi như hàng bán bị trả lại, điều chỉnh doanh thu hoặc khoản thuế đã hoàn không còn đủ điều kiện cũng cần được đánh giá theo quy định hiện hành, thay vì chỉ xử lý riêng lẻ ở kỳ phát sinh mới nhất.

3. Những rủi ro có thể khiến hồ sơ hoàn thuế bị xem xét thêm

Giao dịch chưa được chứng minh đầy đủ

Hồ sơ có hóa đơn nhưng thiếu biên bản nghiệm thu, chứng từ vận chuyển hoặc bằng chứng về việc cung cấp hàng hóa, dịch vụ có thể làm phát sinh nghi vấn về bản chất giao dịch. Rủi ro càng đáng lưu ý khi doanh nghiệp sử dụng nhiều nhà thầu phụ hoặc có chuỗi cung ứng phức tạp, trong đó tài liệu giữa các bên không liên kết được với nhau.

Nhà cung cấp có dấu hiệu bất thường

Nhà cung cấp ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn là những tín hiệu cần được đánh giá thận trọng. Nghị định 359/2025/NĐ-CP đã bãi bỏ quy định gắn điều kiện hoàn thuế với việc người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn xuất cho bên đề nghị hoàn. Tuy nhiên, thay đổi này không có nghĩa mọi hóa đơn đều mặc nhiên đủ điều kiện khấu trừ hoặc hoàn thuế. Tính hợp pháp, bản chất giao dịch và chứng từ liên quan vẫn cần được xem xét theo quy định áp dụng.

Phân bổ thuế đầu vào dùng chung thiếu căn cứ

Khi chi phí văn phòng, quản lý, kho bãi hoặc dịch vụ tư vấn phục vụ nhiều hoạt động khác nhau, doanh nghiệp cần có căn cứ phù hợp để xác định phần thuế đầu vào liên quan đến hoạt động thuộc diện hoàn. Nếu phương pháp phân bổ không phản ánh đúng bản chất chi phí hoặc thiếu dữ liệu chứng minh, số thuế đề nghị hoàn có thể bị điều chỉnh.

Hồ sơ xuất khẩu thiếu sự đồng bộ

Hồ sơ xuất khẩu không chỉ cần phản ánh doanh thu mà còn phải phù hợp với dòng hàng, chi phí đầu vào và dòng tiền. Những chênh lệch về khối lượng, định mức nguyên vật liệu, chứng từ logistics hoặc phương thức thanh toán có thể khiến doanh nghiệp phải cung cấp thêm tài liệu để làm rõ giao dịch.

Áp dụng sai văn bản hoặc thời điểm hiệu lực

Khi chính sách thuế thay đổi, việc sử dụng sai quy định hoặc bỏ qua điều khoản chuyển tiếp có thể ảnh hưởng đến cách kê khai và xác định số thuế được hoàn. Với hồ sơ kéo dài qua nhiều kỳ, doanh nghiệp cần phân biệt rõ quy định áp dụng cho giao dịch, kỳ kê khai và thủ tục hoàn thuế tương ứng.

4. Hoàn thuế GTGT: Rủi ro không kết thúc khi tiền đã về tài khoản

Thời hạn giải quyết hồ sơ phụ thuộc vào việc hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau hay kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định. Tuy nhiên, việc được hoàn thuế không đồng nghĩa doanh nghiệp đã hoàn toàn loại bỏ rủi ro.

Trong các kỳ kiểm tra, thanh tra tiếp theo, cơ quan thuế vẫn có thể xem xét hồ sơ đã hoàn theo quy định. Nếu khoản thuế đã hoàn bị xác định không đủ điều kiện, doanh nghiệp có thể phải nộp lại số tiền hoàn không đúng, tiền chậm nộp và tiền phạt nếu có căn cứ xử phạt tương ứng.

Rủi ro này đặc biệt đáng lưu ý với doanh nghiệp đã sử dụng khoản tiền hoàn để thanh toán nhà cung cấp, đầu tư hoặc bổ sung vốn lưu động. Một khoản tiền từng được ghi nhận là dòng tiền vào có thể trở thành nghĩa vụ tài chính phát sinh ngoài kế hoạch.

Vì vậy, việc rà soát hồ sơ trước khi nộp không chỉ nhằm hạn chế việc bổ sung, giải trình trong quá trình xử lý, mà còn giúp doanh nghiệp đánh giá khả năng bảo vệ số thuế đề nghị hoàn khi có hậu kiểm. Hồ sơ cần được lưu trữ đầy đủ, có thể truy xuất và nhất quán giữa dữ liệu thuế, kế toán, hóa đơn và tài liệu giao dịch trong suốt thời gian có thể bị kiểm tra theo quy định.

5. Những quy định cần lưu ý khi xác định điều kiện hoàn thuế

Các văn bản doanh nghiệp cần đối chiếu theo phạm vi điều chỉnh, hiệu lực và quy định chuyển tiếp bao gồm:

• Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và các văn bản sửa đổi, bổ sung.
• Luật số 149/2025/QH15 và Luật số 90/2025/QH15, đối với các nội dung có liên quan.
• Nghị định 181/2025/NĐ-CP, cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung như Nghị định 359/2025/NĐ-CP và Nghị định 144/2026/NĐ-CP.
• Thông tư 69/2025/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn liên quan đến việc xác định số thuế GTGT được hoàn.
• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, cùng các văn bản hướng dẫn thủ tục quản lý thuế áp dụng tại thời điểm thực hiện.

Với hồ sơ phát sinh qua nhiều kỳ, doanh nghiệp cần xác định đúng văn bản áp dụng cho từng giao dịch, kỳ kê khai và thủ tục hoàn thuế. Việc cập nhật chính sách cần dựa trên toàn văn và hiệu lực của từng quy định, không chỉ dựa vào nội dung tóm tắt hoặc thông tin về thay đổi chính sách.

Lưu ý: Điều kiện hoàn thuế, số thuế được hoàn và thời hạn giải quyết phụ thuộc vào hồ sơ thực tế và quy định áp dụng tại từng thời điểm. Việc xét duyệt hoàn thuế thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan thuế.