Từ ngày 01/07/2026, Nghị định số 254/2026/NĐ-CP và Thông tư số 91/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực, mang đến nhiều thay đổi quan trọng trong việc lập, quản lý và sử dụng hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử.

Đối với doanh nghiệp, đây không đơn thuần là việc cập nhật một quy định pháp luật mới. Những thay đổi này tác động trực tiếp đến hợp đồng thương mại, quy trình bán hàng, hệ thống ERP cũng như công tác quản lý dữ liệu. Nếu không được rà soát và chuẩn bị kịp thời, doanh nghiệp có thể đối mặt với các rủi ro về tuân thủ, đặc biệt trong các kỳ thanh tra, kiểm tra thuế.

Dưới đây là 5 vấn đề trọng tâm doanh nghiệp nên ưu tiên rà soát ngay từ bây giờ.

1. Rà soát điều khoản hợp đồng về tiền đặt cọc và tiền ứng trước

Quy định mới đã phân định rất rõ ràng nghĩa vụ lập hóa đơn đối với các khoản tiền nhận trước:

Các khoản tiền chỉ nhận được dưới hình thức đặt cọc hoặc ký quỹ để bảo đảm thực hiện hợp đồng cung cấp dịch vụ không làm phát sinh nghĩa vụ phải lập hóa đơn điện tử tại thời điểm nhận tiền. Ngược lại, các khoản tiền tạm ứng nhận được cho hàng hóa hoặc dịch vụ vẫn phải tuân thủ các quy định về hóa đơn thông thường và thường yêu cầu phải lập hóa đơn điện tử ngay khi nhận được thanh toán.

Doanh nghiệp không nên chỉ dựa vào các thuật ngữ được sử dụng trong hợp đồng. Trên thực tế, cơ quan thuế thường đánh giá bản chất của giao dịch thay vì tên gọi của nó. Một khoản thanh toán được mô tả là “tiền đặt cọc” vẫn có thể bị coi là khoản thanh toán trước nếu về bản chất nó là khoản đối ứng cho hàng hóa hoặc dịch vụ trong tương lai.

Các việc doanh nghiệp cần thực hiện: Rà soát các mẫu hợp đồng, điều khoản thanh toán và quy trình phê duyệt để đảm bảo việc xử lý hóa đơn phản ánh đúng bản chất thương mại thực tế của từng giao dịch.

2. Đánh giá lại thời điểm lập hóa đơn đối với các giao dịch đặc thù

Các quy định mới đã bổ sung hướng dẫn cụ thể và sát thực tế hơn đối với một số hoạt động kinh doanh có quy trình vận hành đặc thù.

Bao gồm:

• Dịch vụ cần thực hiện đối soát dữ liệu trước khi xác định doanh thu;
• Giao dịch được phép lập hóa đơn tổng hợp theo ngày hoặc theo tháng;
• Hoạt động kinh doanh vận hành liên tục xuyên đêm.

Những hướng dẫn này tạo điều kiện để doanh nghiệp áp dụng thời điểm lập hóa đơn phù hợp hơn với thực tế hoạt động. Tuy nhiên, doanh nghiệp cũng cần bảo đảm quy trình nội bộ được cập nhật thống nhất nhằm tránh việc áp dụng không đồng nhất giữa các bộ phận hoặc đơn vị thành viên.

Doanh nghiệp nên đánh giá lại quy trình lập hóa đơn đối với từng loại giao dịch, đặc biệt ở các ngành bán lẻ, logistics, vận tải, viễn thông, công nghệ và các lĩnh vực có hoạt động đối soát doanh thu phức tạp.

3. Xác định đúng các trường hợp không phải lập hóa đơn điện tử

Khung pháp lý mới cũng làm rõ một số trường hợp không bắt buộc phải xuất hóa đơn điện tử, bao gồm:

• Góp vốn bằng tài sản để thành lập hoặc tăng vốn điều lệ;
• Điều chuyển tài sản nội bộ giữa doanh nghiệp và đơn vị hạch toán phụ thuộc, hoặc giữa các đơn vị hạch toán phụ thuộc thuộc cùng một pháp nhân;
• Một số trường hợp sử dụng chứng từ điện tử chuyên ngành theo quy định.

Việc xác định đúng các giao dịch không thuộc diện bắt buộc phải lập hóa đơn điện tử dưới đây sẽ giúp doanh nghiệp giảm bớt thủ tục hành chính và hạn chế sai sót

Doanh nghiệp nên xây dựng cẩm nang hướng dẫn nội bộ đối với các giao dịch đặc thù để bảo đảm việc áp dụng thống nhất giữa các bộ phận kế toán, tài chính và vận hành.

4. Kiểm tra lại quy trình quản lý hóa đơn điện tử và hệ thống công nghệ

Xu hướng quản lý thuế hiện nay không chỉ tập trung vào từng hóa đơn riêng lẻ mà hướng tới việc quản lý dữ liệu số một cách đồng bộ.

Do đó, doanh nghiệp nên rà soát liệu các quy trình hiện tại có đáp ứng đầy đủ các yêu cầu mới hay không, bao gồm:

• Quy trình lập, phê duyệt và phát hành hóa đơn nội bộ;
• Quy trình truyền nhận, lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử;
• Khả năng kết nối giữa phần mềm hóa đơn điện tử, hệ thống ERP và phần mềm kế toán;
• Cơ chế kiểm soát nội bộ và phân quyền người sử dụng đối với dữ liệu hóa đơn.

Các biện pháp kiểm soát nội bộ chặt chẽ và tích hợp hệ thống đáng tin cậy sẽ ngày càng trở nên quan trọng khi công tác quản lý thuế tiếp tục phụ thuộc nhiều hơn vào dữ liệu số.

Doanh nghiệp nên chủ động phối hợp giữa bộ phận tài chính, kế toán và CNTT để đánh giá mức độ sẵn sàng của hệ thống, từ đó kịp thời điều chỉnh các lỗ hổng quy trình.

5. Doanh nghiệp bán lẻ, thương mại điện tử và kinh doanh số cần chủ động đánh giá rủi ro

Khung pháp lý mới tiếp tục siết chặt cơ chế quản lý đối với hoạt động bán lẻ, thương mại điện tử (TMĐT) và các mô hình kinh doanh số.

Các lĩnh vực nhận được sự quan tâm ngày càng tăng của cơ quan quản lý bao gồm:

• Yêu cầu bắt buộc và tăng cường quản lý đối với hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền;
• Các giao dịch thương mại điện tử; và
• Các mô hình kinh doanh kỹ thuật số và xuyên biên giới phát sinh thu nhập chịu thuế tại Việt Nam.

Các doanh nghiệp hoạt động trên nền tảng số thường có số lượng giao dịch lớn và quy trình xử lý dữ liệu phức tạp. Vì vậy, việc rà soát cơ chế lập hóa đơn và kết nối dữ liệu với hệ thống quản lý sẽ ngày càng trở nên quan trọng.

Đối với các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực này, việc đánh giá định kỳ mức độ tuân thủ của hệ thống hóa đơn, đồng thời rà soát các giao dịch có yếu tố xuyên biên giới sẽ giúp nhận diện sớm các rủi ro về thuế và hạn chế các vướng mắc trong quá trình thực hiện.

Russell Bedford KTC Có Thể Hỗ Trợ Gì?

Việc triển khai các quy định mới không chỉ là câu chuyện về tuân thủ thuế mà còn liên quan đến hợp đồng thương mại, quy trình nghiệp vụ và hạ tầng công nghệ của doanh nghiệp.

Với kinh nghiệm tư vấn cho nhiều doanh nghiệp trong và ngoài nước, Russell Bedford KTC sẵn sàng đồng hành thông qua các dịch vụ sau:

• Đánh giá mức độ tuân thủ theo các quy định mới về hóa đơn và chứng từ điện tử;
• Soát xét hệ thống hợp đồng dịch vụ, quy trình nghiệp vụ và thời điểm lập hóa đơn;
• Tư vấn về các tình huống xuất hóa đơn phức tạp và các vấn đề triển khai thực tế;
• Thẩm định mức độ sẵn sàng và tính tương thích của hệ thống ERP/phần mềm kế toán dưới góc độ tuân thủ thuế;
• Tổ chức các chương trình cập nhật kiến thức, đào tạo nội bộ được thiết kế riêng cho từng doanh nghiệp.

Lời kết

Các quy định mới phản ánh sự chuyển dịch rộng lớn hơn trong công tác quản lý thuế của Việt Nam hướng tới sự minh bạch cao hơn, tăng cường quản trị số và tuân thủ dựa trên dữ liệu một cách toàn diện hơn.

Đối với các doanh nghiệp, việc tuân thủ không còn chỉ giới hạn ở việc phát hành hóa đơn đúng quy định. Nó ngày càng phụ thuộc vào sự đồng bộ giữa các thỏa thuận hợp đồng, quy trình vận hành, kiểm soát nội bộ và hệ thống công nghệ.

Việc chủ động tiếp cận ngay từ hôm nay sẽ giúp doanh nghiệp tăng cường quản trị, giảm thiểu rủi ro tuân thủ và chuẩn bị tốt hơn cho những thay đổi của môi trường pháp lý.

Nếu Quý doanh nghiệp cần đánh giá tác động của các quy định mới hoặc hỗ trợ rà soát hệ thống hóa đơn điện tử, hãy liên hệ ngay với các chuyên gia của Russell Bedford KTC để được đồng hành.