Thời điểm cuối năm là dịp để doanh nghiệp rà soát nghĩa vụ thuế và đánh giá các chính sách ưu đãi thuế có thể áp dụng. Tuy nhiên, việc xác định đúng quyền lợi không chỉ phụ thuộc vào mức thuế suất, mà còn liên quan đến điều kiện hưởng ưu đãi, phạm vi thu nhập được ưu đãi và hồ sơ chứng minh.

Trong năm 2026, doanh nghiệp cũng cần lưu ý những thay đổi về khuôn khổ quản lý thuế và chế độ kế toán, bao gồm Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/07/2026 và Thông tư 99/2025/TT-BTC áp dụng từ ngày 01/01/2026. Đây là những nội dung cần được xem xét khi rà soát việc thực hiện nghĩa vụ thuế và đối chiếu hồ sơ liên quan.

Vậy doanh nghiệp cần lưu ý những chính sách ưu đãi thuế nào trong năm 2026, và cần rà soát những gì để tránh bỏ lỡ quyền lợi hoặc áp dụng chưa đúng quy định?

1. Ưu đãi thuế và các nghĩa vụ thuế doanh nghiệp cần lưu ý

Thuế thu nhập doanh nghiệp: Rà soát mức thuế suất và phạm vi thu nhập được ưu đãi

Năm 2026, doanh nghiệp cần phân biệt giữa thuế suất thuế TNDN theo quy mô doanh thu và các chính sách ưu đãi thuế theo ngành, nghề, địa bàn hoặc dự án đầu tư.

Bên cạnh thuế suất phổ thông 20%, mức thuế suất 15% hoặc 17% được áp dụng cho doanh nghiệp đáp ứng điều kiện tương ứng về doanh thu và các quy định liên quan. Đây là các mức thuế suất theo quy mô doanh thu, cần được phân biệt với chính sách ưu đãi thuế dành cho những đối tượng hoặc hoạt động đủ điều kiện.

Ngoài ra, doanh nghiệp cần rà soát các chính sách miễn, giảm thuế TNDN dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo hoặc các dự án thuộc cơ chế đầu tư đặc thù như Trung tâm tài chính quốc tế tại Việt Nam (VIFC), nếu có liên quan. Việc áp dụng cần căn cứ vào đối tượng, điều kiện và quy định cụ thể của từng chính sách.

Với doanh nghiệp FDI, việc rà soát cần chú ý đến điều kiện hưởng ưu đãi của dự án, phạm vi thu nhập đủ điều kiện, việc hạch toán riêng và phân bổ chi phí liên quan. Doanh nghiệp cũng nên xem xét quy định chuyển tiếp để xác định khả năng tiếp tục áp dụng chính sách ưu đãi theo quy định.

Đối với các tập đoàn đa quốc gia thuộc phạm vi áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu, cần đánh giá thêm ảnh hưởng của thuế TNDN bổ sung đến hiệu quả thực tế của các ưu đãi thuế tại Việt Nam.

Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, việc rà soát ưu đãi thuế TNDN cũng cần đi kèm với việc tuân thủ quy định về kê khai và hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP. Nếu hồ sơ chưa đáp ứng yêu cầu hoặc giá giao dịch không được chứng minh phù hợp, nghĩa vụ thuế TNDN có thể bị điều chỉnh, ảnh hưởng đến lợi ích thuế doanh nghiệp được hưởng.

Thuế giá trị gia tăng: Xác định đúng hàng hóa, dịch vụ được giảm thuế

Chính sách giảm thuế GTGT từ 10% xuống 8% tiếp tục được áp dụng đến hết ngày 31/12/2026 đối với hàng hóa, dịch vụ thuộc phạm vi được giảm theo quy định, trừ các nhóm bị loại trừ.

Doanh nghiệp cần rà soát danh mục hàng hóa, dịch vụ đang kinh doanh, cách phân loại sản phẩm và việc áp dụng thuế suất trên hóa đơn. Với doanh nghiệp có nhiều nhóm hàng hóa, dịch vụ hoặc hoạt động nhập khẩu, sản xuất và phân phối, việc xác định đúng mức thuế suất ở từng khâu có thể ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và quyền lợi của doanh nghiệp.

Ngoài chính sách giảm thuế, doanh nghiệp cũng cần phân biệt đúng hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế, chịu thuế suất 0%, 5% hoặc 10% để tránh áp dụng sai thuế suất và ảnh hưởng đến việc khấu trừ, hoàn thuế đầu vào.

Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu: Rà soát điều kiện hưởng ưu đãi

Doanh nghiệp xuất nhập khẩu cần rà soát mã HS, trị giá tính thuế, xuất xứ hàng hóa và điều kiện áp dụng thuế suất. Một số hàng hóa nhập khẩu có thể được miễn thuế theo quy định hoặc hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo hiệp định thương mại nếu đáp ứng đủ điều kiện.

Bên cạnh đó, kiểm tra sau thông quan có thể dẫn đến việc xác định lại nghĩa vụ thuế nếu cơ quan hải quan phát hiện sai sót trong khai báo hoặc doanh nghiệp chưa đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi. Việc lưu trữ đầy đủ hồ sơ hải quan và chứng từ liên quan giúp doanh nghiệp có cơ sở chứng minh việc áp dụng chính sách thuế.

Thuế nhà thầu nước ngoài: Rà soát bản chất giao dịch

Các khoản thanh toán cho nhà cung cấp nước ngoài như phí dịch vụ, phí quản lý tập đoàn, phần mềm, tiền bản quyền hoặc lãi vay cần được xem xét về nghĩa vụ thuế nhà thầu.

Doanh nghiệp không nên chỉ dựa vào tên gọi trong hợp đồng mà cần đánh giá bản chất giao dịch và nội dung thực tế. Chẳng hạn, giao dịch liên quan đến phần mềm có thể cần làm rõ quyền sử dụng, chuyển giao quyền sở hữu trí tuệ và các dịch vụ đi kèm; phí dịch vụ nội bộ tập đoàn cần có hồ sơ chứng minh dịch vụ thực tế.

Việc phân loại chưa phù hợp có thể ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế và khả năng áp dụng hiệp định tránh đánh thuế hai lần, tùy trường hợp.

Thuế TNCN và các chính sách thuế theo hoạt động kinh doanh

Doanh nghiệp cần rà soát việc khấu trừ, kê khai và quyết toán thuế TNCN đối với tiền lương, tiền công và các khoản lợi ích dành cho người lao động. Với chuyên gia nước ngoài, cần xem xét thêm tình trạng cư trú thuế và nghĩa vụ kê khai tương ứng.

Tùy lĩnh vực hoạt động, doanh nghiệp có thể cần rà soát thêm thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường hoặc thuế tài nguyên. Các chính sách về tiền thuê đất và nghĩa vụ tài chính về đất đai cũng cần được xem xét riêng khi liên quan đến dự án đầu tư.

Đây là những nội dung cần rà soát theo hoạt động thực tế, không đồng nghĩa mọi doanh nghiệp đều thuộc diện áp dụng hoặc được hưởng ưu đãi.

2. Vì sao doanh nghiệp có thể bỏ lỡ ưu đãi thuế?

Việc thuộc ngành, nghề hoặc địa bàn được khuyến khích đầu tư chưa đủ để kết luận doanh nghiệp đương nhiên được hưởng ưu đãi. Trong thực tế, quyền lợi có thể bị bỏ lỡ hoặc áp dụng chưa chính xác do một số nguyên nhân sau:

• Chưa nhận diện đầy đủ chính sách có thể áp dụng: Doanh nghiệp có thể chỉ tập trung vào ưu đãi thuế TNDN mà chưa rà soát các chính sách liên quan đến GTGT, xuất nhập khẩu hoặc các giao dịch với nhà cung cấp nước ngoài.
• Chưa xác định đúng phạm vi thu nhập hoặc giao dịch đủ điều kiện: Ngay cả khi đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi TNDN, không phải mọi khoản thu nhập đều mặc nhiên được ưu đãi. Tương tự, ưu đãi thuế nhập khẩu hoặc việc áp dụng thuế suất GTGT cần căn cứ vào hàng hóa, dịch vụ và điều kiện cụ thể.
• Áp dụng chưa đúng thời điểm hoặc thời hạn ưu đãi: Thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi, thời gian miễn, giảm thuế và các điều kiện liên quan có thể khác nhau tùy chính sách, dự án và tình hình phát sinh thu nhập.
• Bỏ qua quy định chuyển tiếp: Với các chính sách có thay đổi, doanh nghiệp cần xem xét quy định chuyển tiếp để xác định khả năng tiếp tục áp dụng hoặc lựa chọn chính sách phù hợp cho thời gian còn lại, nếu đáp ứng điều kiện.
• Chưa có đủ căn cứ chứng minh điều kiện áp dụng: Thông tin trên hồ sơ đầu tư, hợp đồng, chứng từ hải quan, sổ sách kế toán, tờ khai và hồ sơ thuế cần phù hợp với nhau. Với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, nhiều hoạt động kinh doanh hoặc giao dịch xuyên biên giới, việc xác định nghĩa vụ thuế và phạm vi ưu đãi càng cần được xem xét thận trọng.

Rà soát sớm giúp doanh nghiệp nhận diện những nội dung cần làm rõ, bổ sung hoặc điều chỉnh trước kỳ quyết toán, thay vì chỉ phát hiện vấn đề khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.

3. Rà soát ưu đãi thuế cùng Russell Bedford KTC

Chính sách ưu đãi thuế có thể giúp doanh nghiệp giảm nghĩa vụ thuế khi đáp ứng đầy đủ điều kiện áp dụng. Tuy nhiên, việc xác định đúng quyền lợi đòi hỏi doanh nghiệp phải đối chiếu quy định với hoạt động thực tế, giao dịch phát sinh và hồ sơ liên quan.

Trong quá trình kiểm toán và rà soát tuân thủ thuế, Russell Bedford KTC xem xét các vấn đề liên quan đến việc áp dụng chính sách thuế, bao gồm điều kiện hưởng ưu đãi và phạm vi thu nhập được ưu đãi, tùy theo phạm vi công việc và tình hình thực tế của doanh nghiệp.

Thông qua dịch vụ rà soát tuân thủ thuế và hỗ trợ quyết toán thuế, KTC hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ thuế, nhận diện những nội dung cần làm rõ và chuẩn bị cơ sở giải trình khi cần thiết.